<head>
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h4 {
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    margin-block-end: 1.33em;
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<blockquote style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal; background: rgb(243, 243, 243); color: rgb(255, 0, 0); margin: 2em 0px;">
    <p>
        此文为Chip-seq报告的解读文件：
    </p>
    <ul class=" list-paddingleft-2">
        <li>
            <p>
                以下红字灰色背景为每一小节的结果解读信息
            </p>
        </li>
        <li>
            <p>
                结果解读位于每一小节末尾
            </p>
        </li><br/>
    </ul>
</blockquote>
<h1 style="margin-block-start: 0.67em; font-family: &quot;PingFang SC&quot;; white-space: normal;">
    1. 工作流程
</h1>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    染色体免疫共沉淀（ChIP）是一种用于研究蛋白质与 DNA 的体内相互作用的经典实验技术。采用特异性抗体将目的蛋白进行免疫沉淀，由此可以把目的蛋白所结合的基因组 DNA 片段也富集下来。通过与高通量测序技术的结合，对 ChIP 后的DNA 产物进行测序分析， 从全基因组范围内寻找目的蛋白的 DNA 结合位点，以高效率的测序手段得到高通量的数据结果。
</p>
<h2 style="margin-block-start: 0.83em; font-family: &quot;PingFang SC&quot;; white-space: normal;">
    1.1. ChIP 免疫沉淀实验流程
</h2>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    目前主要有两种不同的ChIP 实验方法，大致流程如下（以细胞样品的处理过程为例）：
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <strong>Cross-liking Chromatin Immunoprecipitation (X-ChIP)</strong>
</p>
<ol style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;" class=" list-paddingleft-2">
    <li>
        <p>
            准备足量的新鲜细胞，每个IP约4x10<sup>6</sup>个细胞，用新鲜的1%的甲醛处理细胞，进行细胞交联。
        </p>
    </li>
    <li>
        <p>
            125mM的甘氨酸终止交联，收集细胞。
        </p>
    </li>
    <li>
        <p>
            超声或酶解打断染色质，将基因组 DNA 打断至 100-500bp。
        </p>
    </li>
    <li>
        <p>
            将抗体（一般为1～5ug）与染色质片段4℃孵育过夜。
        </p>
    </li>
    <li>
        <p>
            加入proteinA/G beads进行4℃孵育4-6小时。
        </p>
    </li>
    <li>
        <p>
            Proteinase K 解交连。
        </p>
    </li>
    <li>
        <p>
            酚氯仿或DNA提取试剂盒提取DNA
        </p>
    </li>
    <li>
        <p>
            QPCR 检测或建库测序
        </p>
    </li>
</ol>
<hr style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;"/>
<h2 style="margin-block-start: 0.83em; font-family: &quot;PingFang SC&quot;; white-space: normal;">
    1.2. ChIP Sequencing 文库构建流程
</h2>
<ol style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;" class=" list-paddingleft-2">
    <li>
        <p>
            用qubit 对ChIP片段进行定量检测
        </p>
    </li>
    <li>
        <p>
            补齐片段末端，并在3’末端加A尾
        </p>
    </li>
    <li>
        <p>
            添加Adapter
        </p>
    </li>
    <li>
        <p>
            0.8X AMPure beads去掉多余的Adapter
        </p>
    </li>
    <li>
        <p>
            文库PCR扩增
        </p>
    </li>
    <li>
        <p>
            1XAMPure beads 去掉多余的primer
        </p>
    </li>
    <li>
        <p>
            qPCR测定文库浓度
        </p>
    </li>
    <li>
        <p>
            Agilent 2100测定文库片段大小
        </p>
    </li>
</ol>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<center style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <p>
        <br/>
    </p>
    <p>
        <img alt="" src="/upload/image/2021/0421/1618971019602087404.png" width="400" height=""/>
    </p>
    <p>
        <br/>
    </p>
</center>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<hr style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;"/>
<h2 style="margin-block-start: 0.83em; font-family: &quot;PingFang SC&quot;; white-space: normal;">
    1.3. 生物信息分析流程
</h2>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    将测序结果与参考基因组比对，比对上唯一位置的序列用于后续标准信息分析及个性化分析。信息分析流程如下：
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<center style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <p>
        <br/>
    </p>
    <p>
        <img alt="" src="/upload/image/2021/0421/1618971019617080730.png" width="500" height=""/>
    </p>
    <p>
        <br/>
    </p>
</center>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<blockquote style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal; background: rgb(243, 243, 243); color: rgb(255, 0, 0); margin: 2em 0px;">
    <br/>
    <p>
        此节内容为Chip-seq基本流程介绍，包括
    </p>
    <ul class=" list-paddingleft-2">
        <li>
            <p>
                实验流程
            </p>
        </li>
        <li>
            <p>
                建库流程
            </p>
        </li>
        <li>
            <p>
                分析流程
            </p>
        </li><br/>
    </ul>
</blockquote>
<hr style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;"/>
<h1 style="margin-block-start: 0.67em; font-family: &quot;PingFang SC&quot;; white-space: normal;">
    2. 数据结果及生物信息分析
</h1>
<h2 style="margin-block-start: 0.83em; font-family: &quot;PingFang SC&quot;; white-space: normal;">
    2.1. ChIP Sequencing 文库质检结果
</h2>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    文库片段质检，ChIP文库的染色质片段在100-500bp之间，建库加入约140bp的接头后，片段应该分布在250-700bp之间为最好。
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    Fragment Analyzer （FA）毛细管电泳检测：
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<center style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <p>
        <br/>
    </p>
    <p>
        <img alt="" src="/upload/image/2021/0421/1618971019635019669.png" width="30%" height=""/>
    </p>
    <p>
        <br/>
    </p>
</center>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    检测结果汇总：（以下结果中文库大小为 FA 判定结果）
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<center style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <p>
        <br/>
    </p>
    <p>
        <img alt="" src="/upload/image/2021/0421/1618971019684076294.png" width="90%" height=""/>
    </p>
    <p>
        <br/>
    </p>
</center>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<blockquote style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal; background: rgb(243, 243, 243); color: rgb(255, 0, 0); margin: 2em 0px;">
    <br/>
    <p>
        此节内容为Chip-seq文库构建质检结果展示：
    </p>
    <ul class=" list-paddingleft-2">
        <li>
            <p>
                图中展示了各个样本文库大小及浓度等信息
            </p>
        </li><br/>
    </ul>
</blockquote>
<hr style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;"/>
<h2 style="margin-block-start: 0.83em; font-family: &quot;PingFang SC&quot;; white-space: normal;">
    2.2. 测序数据质量控制
</h2>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    对原始测序数据及去除接头后的可用数据进行质量评估。
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    具体的qc报告见：
</p>
<blockquote style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <p>
        <a href="http://gzsc.myqnapcloud.cn:9000/Product-Lines/1.CHIP-seq/03.explain/explain/explain__Chip-seq_report.html#" style="color: rgb(96, 144, 207);">Results/2.2.QC/qc_Demo-H3K27ac.html</a><br/><a href="http://gzsc.myqnapcloud.cn:9000/Product-Lines/1.CHIP-seq/03.explain/explain/explain__Chip-seq_report.html#" style="color: rgb(96, 144, 207);">Results/2.2.QC/qc_supplement.html</a>
    </p>
</blockquote>
<blockquote style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal; background: rgb(243, 243, 243); color: rgb(255, 0, 0); margin: 2em 0px;">
    <br/>
    <p>
        本节展示了ChIP-seq数据的质量：
    </p>
    <ul class=" list-paddingleft-2">
        <li>
            <p>
                比对情况
            </p>
        </li>
        <li>
            <p>
                测序深度
            </p>
        </li>
        <li>
            <p>
                组内重复性
            </p>
        </li>
        <li>
            <p>
                peaks数量、长度分布
            </p>
        </li>
        <li>
            <p>
                peaks中reads的数量百分比
            </p>
        </li>
        <li>
            <p>
                ...
            </p>
        </li><br/>
    </ul>
</blockquote>
<hr style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;"/>
<h2 style="margin-block-start: 0.83em; font-family: &quot;PingFang SC&quot;; white-space: normal;">
    2.3. Reads 在全基因组的可视化分布
</h2>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    使用 IGV 软件对 Reads 进行可视化查看，可以查看全基因组任何感兴趣位置的 reads 富集情况，示例如下：
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<center style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <p>
        <br/>
    </p>
    <p>
        <img alt="" src="/upload/image/2021/0421/1618971019718046128.png" width="100%" height=""/>
    </p>
    <p>
        <br/>
    </p>
</center>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    IGV 的安装使用参考：&nbsp;<a href="http://software.broadinstitute.org/software/igv/" style="color: rgb(96, 144, 207);">http://software.broadinstitute.org/software/igv/</a>
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    可视化操作步骤依次是：
</p>
<blockquote style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <p>
        在软件的 Genome 选项，基因参考序列 hg38 ；<br/>在软件的 File 选项，上传 要查看染色体 bigwig 文件 以及 narrowPeak文件；<br/>以上文件上传后可查看该染色体任意位置的基因信息及 reads 富集情况。
    </p>
</blockquote>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    结果文件 ：
</p>
<blockquote style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <p>
        <a href="http://gzsc.myqnapcloud.cn:9000/Product-Lines/1.CHIP-seq/03.explain/explain/explain__Chip-seq_report.html#" style="color: rgb(96, 144, 207);">Results/2.3.peak_cover/*</a>
    </p>
</blockquote>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    表头说明：<br/>
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <code>Results/2.3.peak_cover/*.narrowPeak</code>表头说明：
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<center style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <p>
        <br/>
    </p>
    <table>
        <thead style="background-color: rgb(224, 224, 224); vertical-align: bottom;">
            <tr class="firstRow">
                <th style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; background-color: transparent; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    表头(以下表示第几列)
                </th>
                <th style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; background-color: transparent; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    说明
                </th>
            </tr>
        </thead>
        <tbody>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>Column 1</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    seqnames, peak所在染色体
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>Column 2</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    start, peak起始位置
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>Column 3</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    end, peak终止位置
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>Column 4</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    peakname, peak的名字
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>Column 5</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    score, callPeak的置信度分数，结果按照该列进行排名，计算方法为<code>int(-10*log10Pvalue)</code>
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>Column 6</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    strand, 正负链信息
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>Column 7</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    FC, target vs input 的倍数
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>Column 8</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    score, pvalue，计算方法为<code>-10*log10Pvalue</code>
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>Column 9</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    score, qvalue，计算方法为<code>-10*log10qvalue</code>
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-width: 0px; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>Column 10</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-width: 0px; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    两个峰最高点之间的距离，示例如图
                </td>
            </tr>
        </tbody>
    </table>
    <p>
        <br/>
    </p>
</center>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <code>Results/2.3.peak_cover/*.narrowPeak</code>表头说明图示：
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<center style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <p>
        <br/>
    </p>
    <p>
        <img alt="" src="/upload/image/2021/0421/1618971019741070332.png" width="82%" height=""/>
    </p>
    <p>
        <br/>
    </p>
</center>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<blockquote style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal; background: rgb(243, 243, 243); color: rgb(255, 0, 0); margin: 2em 0px;">
    <br/>
    <p>
        此节内容，对结果进行说明并给出了在IGV中可视化的两个最重要的基本文件：
    </p>
    <ul class=" list-paddingleft-2">
        <li>
            <p>
                <strong>.bigwig</strong>: 测序reads在基因组上的可视化分布结果文件
            </p>
        </li>
        <li>
            <p>
                <strong>.narrowPeak</strong>: callPeak结果文件
            </p>
        </li><br/>
    </ul>
</blockquote>
<hr style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;"/>
<h2 style="margin-block-start: 0.83em; font-family: &quot;PingFang SC&quot;; white-space: normal;">
    2.4. 全基因组 Reads 富集峰 Peak 鉴定
</h2>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    采用常用 reads 富集峰鉴定软件 MACS 在全基因范围进行 peak 扫描，得到 Peak 在基因组上的位置信息、peak 富集信息等。
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<center style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <p>
        <br/>
    </p>
    <p>
        <img alt="" src="/upload/image/2021/0421/1618971019840091156.png" width="800" height=""/>
    </p>
    <p>
        <strong>图1 全基因组 Reads 富集峰</strong>
    </p>
    <p>
        <br/>
    </p>
</center>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    结果文件：
</p>
<blockquote style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <p>
        <a href="http://gzsc.myqnapcloud.cn:9000/Product-Lines/1.CHIP-seq/03.explain/explain/explain__Chip-seq_report.html#" style="color: rgb(96, 144, 207);">Results/Demo-H3K27ac.PeakAnno.xls</a><br/><a href="http://gzsc.myqnapcloud.cn:9000/Product-Lines/1.CHIP-seq/03.explain/explain/explain__Chip-seq_report.html#" style="color: rgb(96, 144, 207);">Results/2.4.peak_scan/Demo-H3K27ac.covplot.pdf</a>
    </p>
</blockquote>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>表头说明：<br/><code>Results/*.PeakAnno.xls</code>表头说明：
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<center style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <p>
        <br/>
    </p>
    <table>
        <thead style="background-color: rgb(224, 224, 224); vertical-align: bottom;">
            <tr class="firstRow">
                <th style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; background-color: transparent; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    表头
                </th>
                <th style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; background-color: transparent; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    说明
                </th>
            </tr>
        </thead>
        <tbody>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>seqnames</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    peak所在染色体
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>start</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    peak起始位置
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>end</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    peak终止位置
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>width</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    peak长度
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>strand</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    正负链信息
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>V4</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    同Peak文件第4列，peakname，peak的名字
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>V5</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    同Peak文件第5列，callPeak的置信度分数，计算方法为<code>int(-10*log10Pvalue)</code>
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>V6</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    同Peak文件第6列，与上述strand列一致，表示正负链信息
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>annotation</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    peak注释信息（对于注释到基因上等注释信息的描述）
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>geneChr</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    注释基因的染色体信息
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>geneStart</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    注释基因的起始位置
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>geneEnd</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    注释基因的终止位置
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>geneLength</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    注释基因的长度
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>geneStrand</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    注释基因的正负链
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>geneId</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    注释基因的EntrezID
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>transcriptId</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    注释基因的转录本名字
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>distanceToTSS</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    被注释Peak距离TSS的距离
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>ENSEMBL</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    注释基因的ENSEMBL名
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>SYMBOL</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    注释基因的SYMBOL名
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-width: 0px; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>GENENAME</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-width: 0px; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    注释基因的基本描述信息
                </td>
            </tr>
        </tbody>
    </table>
    <p>
        <br/>
    </p>
</center>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<blockquote style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal; background: rgb(243, 243, 243); color: rgb(255, 0, 0); margin: 2em 0px;">
    <br/>
    <p>
        此节内容包括：
    </p>
    <ul class=" list-paddingleft-2">
        <li>
            <p>
                所有Peak的临近基因注释结果文件
            </p>
        </li>
        <li>
            <p>
                callPeak结果在全基因组上的分布情况（高度代表置信度）
            </p>
        </li><br/>
    </ul>
</blockquote>
<hr style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;"/>
<h2 style="margin-block-start: 0.83em; font-family: &quot;PingFang SC&quot;; white-space: normal;">
    2.5. Reads 在 TSS 近端富集强度分析
</h2>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    TSS 转录起始位点近端（0-3kb）与特定的基因转录调控功能有关，统计 reads 在TSS 近端的分布情况。
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<center style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <p>
        <br/>
    </p>
    <p>
        <img alt="" src="/upload/image/2021/0421/1618971019966089468.png" width="760" height=""/>
    </p>
    <p>
        <strong>图 2 reads 在 TSS 近端富集强度的分布（热图分布）</strong><br/><br/>
    </p>
    <p>
        <img alt="" src="/upload/image/2021/0421/1618971020101006702.png" width="750" height=""/>
    </p>
    <p>
        <strong>图 3 reads 在 TSS 近端富集强度的分布（峰图分布）</strong><br/><br/>
    </p>
</center>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    结果文件：
</p>
<blockquote style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <p>
        <a href="http://gzsc.myqnapcloud.cn:9000/Product-Lines/1.CHIP-seq/03.explain/explain/explain__Chip-seq_report.html#" style="color: rgb(96, 144, 207);">Results/2.5.tss_near/Demo-H3K27ac.tagheatmap.pdf</a><br/><a href="http://gzsc.myqnapcloud.cn:9000/Product-Lines/1.CHIP-seq/03.explain/explain/explain__Chip-seq_report.html#" style="color: rgb(96, 144, 207);">Results/2.5.tss_near/Demo-H3K27ac.plotavgprof.pdf</a>
    </p>
</blockquote>
<blockquote style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal; background: rgb(243, 243, 243); color: rgb(255, 0, 0); margin: 2em 0px;">
    <br/>
    <p>
        此节内容包括：
    </p>
    <ul class=" list-paddingleft-2">
        <li>
            <p>
                以TSS为中心向正负拓展3k距离的的Peak富集情况
            </p>
        </li><br/>
    </ul>
</blockquote>
<hr style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;"/>
<h2 style="margin-block-start: 0.83em; font-family: &quot;PingFang SC&quot;; white-space: normal;">
    2.6. Reads 在 TSS 近端及远端富集强度分析
</h2>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    TSS 转录起始位点近端（0-3kb）及远端（10kb以上）的 reads 分布与特定的基因转录调控功能有关，统计 reads 在TSS 近端及远端的分布情况。
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<center style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <p>
        <br/>
    </p>
    <p>
        <img alt="" src="/upload/image/2021/0421/1618971020167024043.png" width="780" height=""/>
    </p>
    <p>
        <strong>图4 reads 在 TSS 近端及远端富集强度的分布</strong>
    </p>
    <p>
        <br/>
    </p>
</center>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    结果文件：
</p>
<blockquote style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <p>
        <a href="http://gzsc.myqnapcloud.cn:9000/Product-Lines/1.CHIP-seq/03.explain/explain/explain__Chip-seq_report.html#" style="color: rgb(96, 144, 207);">Results/2.6.tss_near_far/Demo-H3K27ac.peakAnnodistotss.pdf</a>
    </p>
</blockquote>
<blockquote style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal; background: rgb(243, 243, 243); color: rgb(255, 0, 0); margin: 2em 0px;">
    <br/>
    <p>
        此节内容包括：
    </p>
    <ul class=" list-paddingleft-2">
        <li>
            <p>
                以TSS为中心向正负拓展3k-10k以上距离的的Peak富集情况
            </p>
        </li><br/>
    </ul>
</blockquote>
<hr style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;"/>
<h2 style="margin-block-start: 0.83em; font-family: &quot;PingFang SC&quot;; white-space: normal;">
    2.7. Peak 在基因组上的分布
</h2>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    将 Peak 根据位置信息进行基因组注释基因结构元件，分别统计 Peak 在结构元件（intergenic region、upstream 5K、5`UTR、exon、intron，3’UTR、downstream5k）的数目，并根据其在各个元件上的富集程度，绘制分布特征。
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <strong>Peak 在基因结构元件上的分布特征：</strong>
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<center style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <p>
        <br/>
    </p>
    <p>
        <img alt="" src="/upload/image/2021/0421/1618971020216029610.png" width="800" height=""/>
    </p>
    <p>
        <strong>图5 Peak 在基因结构元件上的分布</strong><br/><br/>
    </p>
    <p>
        <img alt="" src="/upload/image/2021/0421/1618971020261021678.png" width="550" height=""/>
    </p>
    <p>
        <strong>图6 Peak 在基因结构元件上的分布比例</strong><br/><br/>
    </p>
</center>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <strong>Peak 在各基因结构元件上的交叉分布特征：</strong>
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<center style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <p>
        <br/>
    </p>
    <p>
        <img alt="" src="/upload/image/2021/0421/1618971020352071206.png" width="700" height=""/>
    </p>
    <p>
        <strong>图7 Peak 在基因结构元件上的交叉分布（upsetplot）</strong><br/><br/>
    </p>
    <p>
        <img alt="" src="/upload/image/2021/0421/1618971020403050164.png" width="440" height=""/>
    </p>
    <p>
        <strong>图8 Peak 在基因结构元件上的交叉分布（vennpie）</strong><br/><br/>
    </p>
</center>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    结果文件：
</p>
<blockquote style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <p>
        <a href="http://gzsc.myqnapcloud.cn:9000/Product-Lines/1.CHIP-seq/03.explain/explain/explain__Chip-seq_report.html#" style="color: rgb(96, 144, 207);">Results/2.7.peak_dis/Demo-H3K27ac.peakAnnobar.pdf</a><br/><a href="http://gzsc.myqnapcloud.cn:9000/Product-Lines/1.CHIP-seq/03.explain/explain/explain__Chip-seq_report.html#" style="color: rgb(96, 144, 207);">Results/2.7.peak_dis/Demo-H3K27ac.peakAnnopie.pdf</a><br/><a href="http://gzsc.myqnapcloud.cn:9000/Product-Lines/1.CHIP-seq/03.explain/explain/explain__Chip-seq_report.html#" style="color: rgb(96, 144, 207);">Results/2.7.peak_dis/Demo-H3K27ac.peakAnnoupset.pdf</a><br/><a href="http://gzsc.myqnapcloud.cn:9000/Product-Lines/1.CHIP-seq/03.explain/explain/explain__Chip-seq_report.html#" style="color: rgb(96, 144, 207);">Results/2.7.peak_dis/Demo-H3K27ac.peakAnnovinnpie.pdf</a>
    </p>
</blockquote>
<blockquote style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal; background: rgb(243, 243, 243); color: rgb(255, 0, 0); margin: 2em 0px;">
    <br/>
    <p>
        此节内容包括：
    </p>
    <ul class=" list-paddingleft-2">
        <li>
            <p>
                所有Peak在基因结构元件上的分布特征（即，各个Peak注释到了基因的什么结构元件的比例统计）
            </p>
        </li>
        <li>
            <p>
                所有Peak在各基因结构元件上的交叉分布特征（即，各个Peak注释到的同一个基因，同时分布在多个基因元件的数量统计）
            </p>
        </li><br/>
    </ul>
</blockquote>
<hr style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;"/>
<h2 style="margin-block-start: 0.83em; font-family: &quot;PingFang SC&quot;; white-space: normal;">
    2.8. Peak注释基因的富集分析
</h2>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
      我们将前面分析得到的Peak注释基因，进行后续富集分析。
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
      我们根据基因表达量分析得到差异基因之后，必须进一步落到基因的功能上来。对于差异分析而言，往往涉及到成千上万个基因，这会使分析变得很复杂。解决思路是将一个基因列表分成多个部分，从而减少分析的复杂度。为了解决怎么分成不同类，通常会对基因功能进行富集分析, 期望发现在生物学过程中起关键作用的生物通路, 从而揭示和理解生物学过程的基本分子机制。功能富集分析可以将成百上千个基因、蛋白或者其他分子分到不同的通路中，以减少分析的复杂度。另外，在两种不同实验条件下，激活的通路显然比简单的基因或蛋白列表更有说服力。基因功能富集分析首先要构建基因集（ gene set，如 GO 和 KEGG 数据库等），也就是基因组注释信息进行分类。然后再把我们的目标基因集（差异基因集或者其他基因集）映射到背景基因集上，注意区分注释与富集。
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
      我们采用 clusterProfiler 软件对差异基因集进行 GO 功能富集分析， KEGG 通路富集分析等。富集分析基于超几何分布原理，其中差异基因集为差异显著分析所得差异基因并注释到 GO 或 KEGG 数据库的基因集，背景基因集为所有进行差异显著分析的基因并注释到 GO 或 KEGG 数据库的基因集。富集分析结果是对每个差异比较组合的所有差异基因集、上调差异基因集、下调差异基因集进行富集。本报告中展示的表格是选取某一个比较组合的富集分析结果，图片是部分富集分析结果。
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<center style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <p>
        <br/>
    </p>
    <p>
        <img alt="" src="/upload/image/2021/0421/1618971020446050041.png" width="300" height=""/>
    </p>
    <p>
        <br/><br/>
    </p>
    <p>
        <strong>图 9 基因富集分析原理图</strong>
    </p>
    <p>
        <br/>
    </p>
    <p>
        <br/>
    </p>
</center>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<hr style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;"/>
<h3 style="margin-block-start: 1em; font-family: &quot;PingFang SC&quot;; white-space: normal;">
    2.8.1. 富集分析结果文件
</h3>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<center style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <p>
        <br/>
    </p>
    <table>
        <thead style="background-color: rgb(224, 224, 224); vertical-align: bottom;">
            <tr class="firstRow">
                <th style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; background-color: transparent; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    结果路径
                </th>
                <th style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; background-color: transparent; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    结果说明
                </th>
            </tr>
        </thead>
        <tbody>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <strong>GO富集分析结果</strong>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);"></td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>Results/*enrich_*/gene.ego_all-p.adjust1.00.csv</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    GO富集结果列表（所有结果）
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>Results/*enrich_*/gene.ego_all-p.adjust0.05.csv</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    GO富集结果列表（按p.adj&lt;0.05筛选后）
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>Results/*enrich_*/gene.ego_ALL.csv</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    GO富集结果列表（MF、BP、CC所有结果）
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>Results/*enrich_*/gene.GO-*-barplot.p*</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    GO富集分析柱状图
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>Results/*enrich_*/gene.GO-*-dotplot.p*</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    GO富集分析散点图
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>Results/*enrich_*/gene.GO-*-DAG.p*</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    GO富集分析DAG图
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <strong>KEGG富集分析结果</strong>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);"></td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>Results/*enrich_*/gene.KEGG.csv</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    KEGG富集结果列表（所有）
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>Results/*enrich_*/gene.KEGG_significant.csv</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    KEGG富集结果列表（按p.adj&lt;0.05筛选后）
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>Results/*enrich_*/gene.KEGG-*-barplot.p*</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    KEGG富集分析柱状图
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>Results/*enrich_*/gene.KEGG-*-dotplot.p*</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    KEGG富集分析散点图
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <strong>ReactomePA富集分析结果</strong>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);"></td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>Results/*enrich_*/gene.ReactomePA.csv</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    ReactomePA富集结果列表（所有）
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>Results/*enrich_*/gene.ReactomePA_significant.csv</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    ReactomePA富集结果列表（按p.adj&lt;0.05筛选后）
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>Results/*enrich_*/gene.ReactomePA-*-barplot.p*</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    ReactomePA富集分析柱状图
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-width: 0px; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    <code>Results/*enrich_*/gene.ReactomePA-*-dotplot.p*</code>
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-width: 0px; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    ReactomePA富集分析散点图
                </td>
            </tr>
        </tbody>
    </table>
    <p>
        <br/>
    </p>
</center>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    结果文件夹：
</p>
<ul style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;" class=" list-paddingleft-2">
    <li>
        <p>
            Pathway1 分析结果文件夹：<a href="http://gzsc.myqnapcloud.cn:9000/Product-Lines/1.CHIP-seq/03.explain/explain/explain__Chip-seq_report.html#" style="color: rgb(96, 144, 207);">Results/2.8.enrich_pathway1/</a>
        </p>
    </li>
    <li>
        <p>
            Pathway2 分析结果文件夹：<a href="http://gzsc.myqnapcloud.cn:9000/Product-Lines/1.CHIP-seq/03.explain/explain/explain__Chip-seq_report.html#" style="color: rgb(96, 144, 207);">Results/2.9.enrich_pathway2/</a>
        </p>
    </li>
    <li>
        <p>
            Pathway1 网页预览图：<a href="http://gzsc.myqnapcloud.cn:9000/Product-Lines/1.CHIP-seq/03.explain/explain/explain__Chip-seq_report.html#" style="color: rgb(96, 144, 207);">Results/2.8.enrich_pathway1/*-pdf.html</a>
        </p>
    </li>
    <li>
        <p>
            Pathway2 网页预览图：<a href="http://gzsc.myqnapcloud.cn:9000/Product-Lines/1.CHIP-seq/03.explain/explain/explain__Chip-seq_report.html#" style="color: rgb(96, 144, 207);">Results/2.9.enrich_pathway2/*-pdf.html</a>
        </p>
    </li>
</ul>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    说明：
</p>
<ul style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;" class=" list-paddingleft-2">
    <li>
        <p>
            Pathway1中对peaks进行基因注释，仅采用临近基因注释。
        </p>
    </li>
    <li>
        <p>
            Pathway2中对peaks进行基因注释，需要考虑多个因素，包括注释基因的外显子/内含子，promoter区，也包括peaks两侧可能包含顺式调控元件的区域。
        </p>
    </li>
</ul>
<hr style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;"/>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    表头说明： （<code>Results/*enrich_*/gene.ego_*.csv</code>&nbsp;GO富集结果列表）
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<center style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <p>
        <br/>
    </p>
    <table>
        <thead style="background-color: rgb(224, 224, 224); vertical-align: bottom;">
            <tr class="firstRow">
                <th style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; background-color: transparent; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    表头
                </th>
                <th style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; background-color: transparent; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    说明
                </th>
            </tr>
        </thead>
        <tbody>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    ID
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    对应GO数据库中的ID
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    ONTOLOGY
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    分子功能（Molecular Function），生物过程（biological process）和细胞组成（cellular component）
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    Description
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    GO的描述
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    GeneRatio
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    对应GO 差异基因数 / 能够对应到GO数据库中同类型的差异基因数
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    BgRatio
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    对应GO包含对应物种的基因数 / GO数据库中包含对应物种的基因数
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    pvalue
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    富集分析得到的p-value
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    p.adjust
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    校正后的p-value
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    qvalue
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    富集分析得到的qvalue
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    Count
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    富集基因数目
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    ENTREZID
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    富集基因列表（ENTREZID）
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-width: 0px; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    SYMBOL
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-width: 0px; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    富集基因列表（SYMBOL）
                </td>
            </tr>
        </tbody>
    </table>
    <p>
        <br/>
    </p>
</center>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<hr style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;"/>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    表头说明： （<code>Results/*enrich_*/gene.KEGG*.csv</code>&nbsp;KEGG富集、<code>Results/*enrich_*/gene.ReactomePA*.csv</code>&nbsp;ReactomePA富集 结果列表）
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<center style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <p>
        <br/>
    </p>
    <table>
        <thead style="background-color: rgb(224, 224, 224); vertical-align: bottom;">
            <tr class="firstRow">
                <th style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; background-color: transparent; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    表头
                </th>
                <th style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; background-color: transparent; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    说明
                </th>
            </tr>
        </thead>
        <tbody>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    ID
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    对应PATHWAY数据库中的ID
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    Description
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    PATHWAY的描述
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    GeneRatio
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    对应PATHWAY 差异基因数 / 能够对应到PATHWAY数据库中的差异基因数
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    BgRatio
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    对应PATHWAY包含对应物种的基因数 / PATHWAY数据库中包含对应物种的基因数
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    pvalue
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    富集分析得到的p-value
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    p.adjust
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    校正后的p-value
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    qvalue
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    富集分析得到的qvalue
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    Count
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    富集基因数目
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    ENTREZID
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    富集基因列表（ENTREZID）
                </td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-width: 0px; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    SYMBOL
                </td>
                <td style="border-left-color: rgb(203, 203, 203); border-top-width: 0px; border-right-width: 0px; font-size: inherit; margin: 0px; overflow: visible; padding: 0.5em 1em; border-bottom-width: 0px; border-bottom-color: rgb(203, 203, 203);">
                    富集基因列表（SYMBOL）
                </td>
            </tr>
        </tbody>
    </table>
    <p>
        <br/>
    </p>
</center>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<hr style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;"/>
<h3 style="margin-block-start: 1em; font-family: &quot;PingFang SC&quot;; white-space: normal;">
    2.8.2. GO功能富集分析
</h3>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
       GO(Gene Ontology) 是描述基因功能的综合性数据库，可分为生物过程（ biological process ）和细胞组成（ cellular component ）分子功能（ Molecular Function ）三个部分。 GO 功能富集以 padj 小于 0.05 作为为显著性富集的阈值，富集结果见结果文件。
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
      从 GO 富集分析结果中，选取最显著的 20 个 Term 绘制柱状图进行展示，若不足 20 个，则绘制所有 Term ，按生物过程、细胞组分和分子功能三大类别及差异基因上下调分类画的柱状图。
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
      有向无环图 (Directed Acyclic Graph，DAG) 为差异基因 GO 富集分析结果的图形化展示方式。图中，分支代表包含关系，从上至下所定义的功能范围越来越小，选取每个差异比较组合的 GO 富集结果最显著性前 5 位的 GO Term 作为有向无环图的主节点，并通过包含关系，将相关联的 GO Term 一起展示，颜色的深浅代表富集程度。我们的项目中分别绘制生物过程、分子功能和细胞组分的 DAG 图。
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<center style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <p>
        <br/>
    </p>
    <p>
        <img alt="" src="/upload/image/2021/0421/1618971020472095738.png" width="500" height=""/>
    </p>
    <p>
        <br/><br/>
    </p>
    <p>
        <strong>图 10 GO富集分析柱状图</strong>
    </p>
    <p>
        图中纵坐标为GO Term，横坐标为GO Term富集的显著性水平，数值越高越显著
    </p>
    <p>
        <br/><br/>
    </p>
</center>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<center style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <p>
        <br/>
    </p>
    <p>
        <img alt="" src="/upload/image/2021/0421/1618971020557058507.png" width="500" height=""/>
    </p>
    <p>
        <br/><br/>
    </p>
    <p>
        <strong>图 11 GO富集分析散点图</strong>
    </p>
    <p>
        图中横坐标为注释到GO Term上的差异基因数与差异基因总数的比值，纵坐标为GO Term
    </p>
    <p>
        <br/><br/>
    </p>
</center>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<center style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <p>
        <br/>
    </p>
    <p>
        <img alt="" src="/upload/image/2021/0421/1618971020653094126.png" width="500" height=""/>
    </p>
    <p>
        <br/><br/>
    </p>
    <p>
        <strong>图 12 GO富集分析DAG图</strong>
    </p>
    <p>
        每个节点代表一个GO术语，方框代表的是富集程度为TOP5的GO，颜色的深浅代表富集程度，颜色越深就表示富集程度越高，每个节点上展示了该TERM的名称及富集分析的padj
    </p>
    <p>
        <br/>
    </p>
</center>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<hr style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;"/>
<h3 style="margin-block-start: 1em; font-family: &quot;PingFang SC&quot;; white-space: normal;">
    2.8.3. KEGG通路富集分析
</h3>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
       KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) 是整合了基因组、化学和系统功能信息的综合性数据库。 KEGG 通路富集以 padj 小于 0.05 作为显著性富集的阈值，富集结果见结果文件。
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
      从 KEGG 富集结果中，选取最显著的 20 个 KEGG 通路绘制柱状图进行展示，若不足 20 个，则绘制所有通路，如下图所示。图中横坐标为通路富集的显著性水平，数值越高越显著，纵坐标为 KEGG 通路。
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
      从 KEGG 富集结果中，选取最显著的 20个KEGG 通路绘制散点图进行展示，若不足 20 个，则绘制所有通路，如下图所示。图中横坐标为注释到 KEGG 通路上的差异基因数与差异基因总数的比值，纵坐标为 KEGG 通路，点的大小代表注释到 KEGG 通路上的基因数，颜色从红到紫代表富集的显著性大小。
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<center style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <p>
        <br/>
    </p>
    <p>
        <img alt="" src="/upload/image/2021/0421/1618971020790061935.png" width="500" height=""/>
    </p>
    <p>
        <br/><br/>
    </p>
    <p>
        <strong>图 13 KEGG富集分析柱状图</strong>
    </p>
    <p>
        图中横坐标为通路富集的显著性水平，数值越高越显著，纵坐标为KEGG通路。
    </p>
    <p>
        <br/><br/>
    </p>
</center>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<center style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <p>
        <br/>
    </p>
    <p>
        <img alt="" src="/upload/image/2021/0421/1618971020874001228.png" width="500" height=""/>
    </p>
    <p>
        <br/><br/>
    </p>
    <p>
        <strong>图 14 KEGG富集散点图</strong>
    </p>
    <p>
        图中横坐标为注释到KEGG通路上的差异基因数与差异基因总数的比值，纵坐标为KEGG通路
    </p>
    <p>
        <br/><br/>
    </p>
</center>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<hr style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;"/>
<h3 style="margin-block-start: 1em; font-family: &quot;PingFang SC&quot;; white-space: normal;">
    2.8.4. ReactomePA富集分析
</h3>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
       Reactome数据库汇集了人类等模式物种各项反应及生物学通路。Reactome通路富集以padj小于0.05作为显著性富集的阈值，富集结果见结果文件。
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
      以下柱状图与散点图与上一节类似，选取最显著的 20个 富集进行展示，若不足 20 个，则绘制所有通路，如下图所示。
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<center style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <p>
        <br/>
    </p>
    <p>
        <img alt="" src="/upload/image/2021/0421/1618971020961064815.png" width="500" height=""/>
    </p>
    <p>
        <br/><br/>
    </p>
    <p>
        <strong>图 15 ReactomePA富集分析柱状图</strong>
    </p>
    <p>
        图中横坐标为通路富集的显著性水平，数值越高越显著，纵坐标为ReactomePA通路。
    </p>
    <p>
        <br/><br/>
    </p>
</center>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<center style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <p>
        <br/>
    </p>
    <p>
        <img alt="" src="/upload/image/2021/0421/1618971021039097890.png" width="500" height=""/>
    </p>
    <p>
        <br/><br/>
    </p>
    <p>
        <strong>图 16 ReactomePA富集散点图</strong>
    </p>
    <p>
        图中横坐标为注释到ReactomePA通路上的差异基因数与差异基因总数的比值，纵坐标为ReactomePA通路
    </p>
    <p>
        <br/><br/>
    </p>
</center>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<blockquote style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal; background: rgb(243, 243, 243); color: rgb(255, 0, 0); margin: 2em 0px;">
    <br/>
    <p>
        此节内容包括：
    </p>
    <ul class=" list-paddingleft-2">
        <li>
            <p>
                对注释到的基因集的GO富集分析
            </p>
        </li>
        <li>
            <p>
                对注释到的基因集的KEGG富集分析
            </p>
        </li>
        <li>
            <p>
                对注释到的基因集的ReactomePA富集分析
            </p>
        </li><br/>
    </ul>
</blockquote>
<hr style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;"/>
<h2 style="margin-block-start: 0.83em; font-family: &quot;PingFang SC&quot;; white-space: normal;">
    2.9. Peak 区域 Motif 分析
</h2>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    用 Homer 软件对 Peak 区域鉴定 motif 序列；并将得到的 motif 序列与 JASPAR 数据库（JASPAR CORE 2016 database）进行比对，鉴定已知的 motif。
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    Homer 结果示例：
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<center style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <p>
        <br/>
    </p>
    <p>
        <img alt="" src="/upload/image/2021/0421/1618971021134042953.png" width="700" height=""/>
    </p>
    <p>
        <br/>
    </p>
</center>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    结果文件：
</p>
<blockquote style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <p>
        <a href="http://gzsc.myqnapcloud.cn:9000/Product-Lines/1.CHIP-seq/03.explain/explain/explain__Chip-seq_report.html#" style="color: rgb(96, 144, 207);"><code>Results/2.10.motif/*/*.html</code></a>
    </p>
</blockquote>
<p style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal;">
    <br/>
</p>
<blockquote style="font-family: &quot;PingFang SC&quot;; font-size: medium; white-space: normal; background: rgb(243, 243, 243); color: rgb(255, 0, 0); margin: 2em 0px;">
    <br/>
    <p>
        此节内容为所有Peak区域鉴定 motif 结果，包括：
    </p>
    <ul class=" list-paddingleft-2">
        <li>
            <p>
                基于JASPAR数据库已知查找结果
            </p>
        </li>
        <li>
            <p>
                基于denovo预测结果
            </p>
        </li>
    </ul>
    <p>
        <br/>
    </p>
</blockquote>
<p>
    <br/>
</p>